温州市科协机关下设办公室、科普部、学会部、国际部4个部室。

(一)办公室

负责市科协全委会、常委会的秘书工作；负责编制机关工作规划和年度计划；负责对机关日常工作事务及有关工作进行综合协调、督促检查；负责重大活动、会议的安排组织协调；负责综合性业务工作的调研,就有关重大问题提出建议,拟定有关规章制度；负责起草有关重要文件、报告和讲话文稿；负责文电处理、机要保密、档案管理、综合统计、物业管理和后勤保障等工作；负责财务和资产管理、政府采购、基本建设等工作；负责机关和直属单位审计工作,监督指导直属单位财务和资产管理工作。负责调查研究和指导全市科协系统组织建设和干部队伍建设工作；规划、协调和指导科协系统干部的教育培训工作；负责人事、工资、考绩考核、纪检监察、来信来访和离退体干部服务等工作；统筹指导科协系统信息宣传工作；负责“网上科协”建设管理；负责机关及所属单位党群工作；负责对科协主管报刊、网站、论坛(报告会)等阵地的意识形态管理工作；负责市科协代表、委员、常务委员及科协界别政协委员的联络服务工作。

(二)学会部

负责市级学会、科技类社会团体的建设和监督管理；负责组织开展科学考察、学术论证和技术咨询、科技报告等活动；负责综合性重点学术交流的组织协调工作；负责指导有关学会开展学术交流、科普活动等工作；负责组织科技工作者参与政治协商、科学决策、民主监督及有关科技(科普)政策制定等工作；负责组织承接科技(机构)评估、技术标准研制、成果鉴定、专业技术资格评审和认证等政府转移职能；负责学会继续教育工作的规划和管理；负责有关学会学术类期刊的业务指导和管理工作；负责科技工作者状况调查、权益维护和人才举荐及有关表彰奖励工作；负责学会党的建设和科学道德与学风建设,推动治理结构和治理方式改革；做好科技工作者的联络服务工作；组织反对邪教相关工作。

(三)科普部

负责统筹和指导科协系统科学技术普及工作；负责温州市全民科学素质纲要实施工作办公室和农民技术职称评定工作办公室日常工作；负责重大科普活动、重点科普项目的组织协调工作；负责组织开展群众性、社会性、经常性科普工作；负责科协系统科普队伍和科普设施、阵地的建设管理；负责科普场馆建设的规划与指导工作；负责统筹和指导农村实用技术培训和推广工作；负责统筹和指导全市青少年科技教育工作；负责科普信息化建设工作；负责科普类学(协)会和温州科技馆、青少年科技中心、农函大温州分校等单位的业务指导工作。

（四）国际部

负责峰会筹备期间各项工作的综合协调、联络、督促、落实等；负责峰会闭会期间的日常事务。负责搭建联络沟通平台，加强与海外科学家、华人科技团体，诺奖、图灵奖等世界顶尖科学家，海外院士，各领域青年科学家的日常联系，提出“海智”工作年度计划建议；组织实施有关海外科技成果项目对接活动，为海外高端人才来温创新创业牵线搭桥；负责温州海智计划工作基地日常事务。负责与港澳台地区科技团体和人员的联系，协调港澳台地区科技代表团和人员来访接待事宜；协助市科协下属单位与港澳台地区开展科协交流与合作；负责与国家级学会的联系对接，推动国家级学会专家来温开展会地、会企合作。